Во-первых, вот мнение по этому поводу известного и авторитетного в своей области российского портала грамота.ру: писать надо Беларусь.

Во-вторых, есть ОБЩЕРОССИЙСКИЙ КЛАССИФИКАТОР СТРАН МИРА, это стандарт, принятый ГОСУДАРСТВЕННЫМ КОМИТЕТОМ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ ПО СТАНДАРТИЗАЦИИ И МЕТРОЛОГИИ. В редакции от 2001 года (введен в действие в 2002, с изменениями N 1/2003, 2/2003, 3/2004, 4/2004, 5/2005, 6/2006, 7/2006) написано:

БЕЛАРУСЬ, Республика Беларусь, BY, BLR

Просмотреть документ можно здесь: http://www.mzkazan.ru/cms.root/images//docs/Классификатор%20ОКСМ.doc

Я проверил по базе Консультант+. Там документ в такой же редакции.

Теперь абсолютно понятно, что правильно по-русски писать Беларусь, когда речь идет о ныне существующей стране. В советское же время (до 1991 года) страна называлась Белоруссия. Потому, применять термин Белоруссия можно только в контексте истории государства.

Молдова в стандарте также написана правильно: Республика Молдова.

Резюме. По законам Российской Федерации правильно писать по-русски Беларусь и Молдова, а НЕ Белоруссия и Молдавия.

UPD. Уважаемый Александр Васильевич и другие. Хочу заметить, что ни немцы, ни молдавцы, ни грузины, ни сербы подавляющим большенством не говорят по-русски. Они называют свою страну на своем языке как хотят. Белорусы же говорят по-русски, русский язык у нас один из государственных языков, и ошибочное написание названия государства в этом случае (именно ошибочное: посмотрите в любом международном договоре, составленном на русском, в стандарте, о котором я писал) — неуважение к белорусской стороне.